5 espèces d’intérêt communautaire (EIC) ont été recensés de l’annexe II de la Directive 92/43/CEE « Habitats Faune Flore ».
- La Loutre d’Europe - Lutra lutra (1355), redevenue fréquente en Limousin, qui occupe tout le réseau hydrographique.
- La petite mousse Bruchie des Vosges - Bruchia vogesiaca (1385), espèce pionnière, annuelle et estivale qui apprécie les sols gorgés d’eau et surtout pas de concurrence !
- Le Flûteau nageant -Luronium natans (1831), une plante aquatique observée dans la Maulde à l’amont du Lac de vassivière.
- Le Damier de la Succise - Euphydryas aurinia (1065), papillon fréquentant les zones humides ouvertes en particulier certaines prairies.
- Le Lucane cerf-volant - Lucanus cervus (1083), abondant sur le site de par l’omniprésence de bois morts dans laquelle la larve se développe pendant 3 à 5 ans.
D’autres espèces remarquables, rares et/ou protégées ont pu être identifiées dans le cadre des inventaires et des suivis écologiques de l’animation du site, dont : le Bruant fou, l’Engoulevent d’Europe, la Pie-grièche grise, le Balbuzar pêcheur (migration), le Lézard vivipare, la Vipère péliade, la Cordulie arctique, le Sympétrum noir, la Leucorrhine douteuse, le Lycopode en massue, le Lycopode inondé, le Carex à peu de fleurs, la Drosera à feuilles rondes, La Drosera à feuilles intermédiaires, le Grand Murin et la Barbastelle.
De plus, le site est presque intégralement inclus dans la Zone de Protection Spéciale « Plateau de Millevaches » (Directive Oiseaux). Un grand nombre des espèces d’oiseaux concernées par la ZPS sont liées aux zones ouvertes humides ou sèches et sont favorisées par les mesures du site de Vassivière. Des oiseaux comme l'Alouette lulu, la Pie-grièche écorcheur, l'Engoulevent d'Europe, et un certain nombre de rapaces, sont fortement inféodés aux milieux ouverts, qui peuvent également accueillir des oiseaux en halte migratoire.