Les modes de mise en œuvre des objectifs Natura 2000 varient selon les pays de l’Union européenne. Certains se sont engagés dans une logique législative, comme le Royaume-Uni où les deux directives se sont traduites par des lois spécifiques. La France a choisi la voie contractuelle. Des grands principes de gestion sont définis au niveau national selon les milieux ou les espèces en présence. Les propriétaires ou ayant droits sont invités à les mettre en œuvre et peuvent, à cette fin, conclure des Contrats Natura 2000 avec l’Etat. Ces contrats leur permettent d’obtenir des financements pour les opérations entreprises au bénéfice de la biodiversité. En contrepartie, ils s’engagent à respecter les actions financées.
Depuis 2008, le dispositif législatif propre à Natura 2000 en France s’est un peu renforcé suite à la mise en place du dispositif d’évaluation des incidences. Il a pour but de vérifier la compatibilité d’une activité avec les objectifs de conservation du ou des sites Natura 2000. Plus précisément, il convient de déterminer si le projet peut avoir un effet significatif sur les habitats et les espèces végétales et animales ayant justifié la désignation du site Natura 2000. Si tel est le cas, l’autorité décisionnaire doit s’opposer au projet (sauf projet d’intérêt public majeur). Seuls les projets qui n’ont pas d’impact significatif peuvent être autorisés.